La geografía de Almarza está configurada por un semicírculo de montañas integradas en el Sistema Ibérico  que, arrancando desde las estribaciones de las Sierras de Carcaña y Cebollera por el poniente, en tierras del Valle del Razón, se extiende hasta la Sierra del Alba por el saliente, colindando con las mesteñas Tierras Yangüesas, pasando por las de Tabanera, Pineda y Montes Claros. Son montañas de perfil redondeado que alternan pastizales y bosques autóctonos con los de repoblación. Sus altitudes se perfilan entre los 1700 y los 1900 metros.

Entre todas estas sierras, se cobijan los diferentes núcleos de población por cuyos predios atraviesan diversos arroyos y ríos, principalmente el Tera que vertebra el valle que lleva su nombre. Al Río Tera se juntan en el municipio de Almarza el Río Razón por su derecha y el Zarranzano por su izquierda.

La vía de comunicación principal es la N-111 que va desde Soria a Logroño siguiendo más o menos el curso del Río Tera recorriendo el municipio de Sur a Norte. A partir de Almarza la fisonomía del paisaje cambia al adentrarnos en plena Cordillera Ibérica, donde encontramos el famoso Puerto de Piqueras, paso natural hacia la vecina Rioja.

La geología de su suelo hace que en el término encontremos dos zonas bien diferenciadas: una de suelo calizo, con una vegetación mediterránea como la encina, el pino resinero y las aromáticas. Esta zona caliza ocupa gran parte de la mitad sur del municipio. 
La parte norte sin embargo es de suelo silíceo, y está cubierta por vegetación y bosques del tipo atlántico (roble, haya, pino albar, helechos...)

Esta vegetación tan diversa unida a una climatología que marca bien las cuatro estaciones del año contribuye a que la zona sea también muy rica en fauna silvestre y micología.